在社会飞速发展的时代，中医学若仍想屹立于世界医学之林，就必须直面现实，变革发展。但如何发展，学者们提出许多方法，其中独立发展论是重要的一种发展模式。
1．独立发展论的依据
独立发展论，即强调保持中医特色，按照自身发展规律独立发展的观点。此是基于对近代以来中西医会通、中西医结合对中医学影响的判断，以及运用库恩科学范式理论与自然系统层次理论评判的结果。
首先，从中西医结合研究对中医学术发展影响的评价角度而言，以李致重《“西化”-中医科研的致命错误-“肾的研究”之剖析》为代表，认为近50年来国家投入了大量的人力、物力、财力所搞出来的中西医结合研究成果，绝大部分是既不能纳入中医学的理论体系，也无法归入西医学的范畴。
其次，是运用库恩科学范式理论对中、西医学的评判。“范式”与“不可通约性”是科学哲学中历史主义的代表库恩提出的重要概念与命题。所谓范式，就是某一科学共同体在某一专业或学科中所具有的共同信念。“范式的不可通约性表现在以下几个方面：（1）不同范式对科学的定义或标准不同。（2）新旧理论各自使用的概念、术语是互不相容的。（3）新旧理论的世界观是不同的，互不相容的。（4）新旧理论在逻辑上是不相容的。（5）新旧理论的语言是不可通约的。不可通约性”是以范式、科学共同体范畴为基础的。中西医分别诞生于不同的文化土壤，受不同文化传统的影响和思维方式的制约，造成了二者在观念、形态、特征乃至审美意趣等方面的明显差异，从而形成两种医学范式，两者之间不仅存在着传统与现代上的差异，而且存在着东方与西方科学传统的不同。中医与西医的研究对象、研究方法不同，所以两者所形成的理性认识，用语词形式所概括的概念、范畴体系自然也就不同，故中、西医之间具有不可通约性。
再次，是运用自然系统层次理论对中、西医学的评判。认为中医学与现代医学是由方法论变革而发展的两个层次的科学，而按照系统科学理论，复杂系统整体性质的涌现需由一系列低层次到高层次的逐步整合和发展而成，最终产生出的整体具有孤立的部分及其总和不具备的特性，系统科学将其称为“整体涌现性”。整体涌现性具有非还原性或非加和性，即整体具有一旦还原为部分便不复存在的特性，或把部分的特性加和起来无法得到的特性。因此，企图以现代医学的微观指标来描述中医学的宏观辨证概念，即将中医学还原化，事实证明这种努力是不成功的。
2．独立发展论存在的问题
独立发展论突出强调了对中医特色的继承与发扬，但这种中医发展观则存在着如下尚待解决的问题：
一是对西医学内涵、外延的人为限定、割裂。诚如李致重所言：“在讨论中西医的关系时所讲的‘西医’，其实是指西医的生物医学部分而言的。”其对西医的定义是“以还原性科学方法，研究人的器官、组织、细胞、分子层次上的结构与功能所形成的防病治病的科学体系。”或者认为中医的思维方式是比类取象，西医的思维方式是逻辑思维。作为中、西医研究的“人”，在逻辑思维中，“人”被物质化、机械化、非生命化、非自然化；而在比类取象思维中，“人”没有失去其所以为人的自然本性。
二是对库恩科学范式理论的理解与运用存在问题。库恩认为，范式作为科学的历史形态，有自己的发生、发展和衰亡的过程，必然导致革命。范式在形成之初蒸蒸日上，所向披靡，可以顶住或融化反常。但是，当它扩展到一定程度，生命力就渐渐耗尽，会陷入危机而导致科学革命。中医学从《黄帝内经》确立其医学范式以来，并未发生过范式变革的科学革命。那么，随着当代科学的发展，人们信仰的变化，是否也预示着中医学范式变革的必然性。关于不可通约性，尚涉及到对其内涵的理解，有学者认为，两种不同的理论范式之间的竞争与选择，除了淘汰一方之外，还有一种情形，便是被一个新的理论范式所取代。这种取代是一种扬弃。
三是对自然系统层次理论的理解问题。按照系统论的观点，系统特别是复杂系统可以划分为不同的等级层次，不同层次之间则存在着隶属关系。中、西医学虽然研究了人体不同层次的生命活动规律，但毕竟是人体相邻层次的生理、病理现象，两者之间理应是相互联系的，具有一定的通约性。独立发展论则无疑割裂了系统层次之间的联系，而将系统层次绝对化了。由此也导致了一些逻辑的混乱，如有学者认为中医是用宏观说明常观，西医是用微观阐明常观，既不能用中医说明西医，也不能用西医阐明中医。如果欲用西医学说明中医，只靠微观阐明常观是不行的，还要用微观阐明宏观。
中医需要按照自身发展规律独立发展，正如何裕民所说“中医学的发展，既要遵循科学技术的一般规律，也应考虑中国文化的走向，以及中国人生活方式的变迁，这就是按中医自身规律来发展中医。”
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