脂溶性生物碱一般是指生物碱中那些在游离状态时不溶于水，而溶于氯仿、苯、乙醚、乙酸乙酯等脂溶性有机溶剂的生物碱。它们与酸生成的盐类，其溶解性能则相反，可以溶于水，而不溶于脂溶性有机溶剂。
脂溶性生物碱的提取，根据开始所选用的溶剂不同而有多种方法，但各种方法的依据都是利用生物碱在游离状态和盐类时溶解性能上的差异而进行的。
1. 酸水提取法：用盐酸、硫酸、醋酸或酒石酸等小分子无机酸或有机酸的百分之一（或更低浓度）水溶液为溶剂，自中草药中提取生物碱。提取时一般用冷浸或渗漉法。中草药中的生物碱转变成盐类，溶于水而被提出。酸水液中由于含有较多的杂质（如蛋白质、糖类等），去除的方法是将酸水液加入脂溶性有机溶剂，再加碱碱化到pH10左右，此时生物碱盐类转变为游离生物碱而溶于脂溶性有机溶剂，回收溶剂后就得到脂溶性生物碱的混合物。原来的酸水中的一些水溶性杂质仍留在水中。
2. 亲水性有机溶剂提取法：生物碱及其盐类在乙醇，甲醇等级克和水混合，有可和脂溶性有机溶剂混合的亲水性有机溶剂中溶解。用这种类性有机溶剂自中草药中提取生物碱时，可以避免一些大分子的水溶性化合物成分被提出，而可将游离状态的生物碱或以盐类形式存在的生物碱提出。
亲水性有机溶剂提取法中所用溶剂可以根据生物碱的溶解性选用不同浓度的醇，也可选用含酸的醇。提取方法可以选用热回流提取法，或渗滤法，浸渍法等。
醇提取液回收溶剂得到浸膏状的生物碱混合物。如需进一步提取杂质，可加酸水溶解，再加脂溶性有机溶剂，碱化提取，回收溶剂后得总碱
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3. 脂溶性有机溶剂提取法：用脂溶性有机溶剂直接自中草药中提取生物碱。此法主要是提取出游离状态的生物碱，不能提出生物碱盐类。为了提高提取消率，必须将中草药中以盐类存在的生物碱转变为游离状态，即将中草药先用碱水湿润，再用溶剂提取。由于有机溶剂不易渗透到为碱水湿润的植物细胞中去，故用溶剂提取时提取的次数要多，每次提取的时间要比前两种方法长。这种方法提出的生物碱纯度较高，杂质少，一般在回收溶剂后就可得到易于精制去杂的混合总碱。但这种方法对提取设备的要求严格，因脂溶性有机溶剂绝大多数都易燃烧或有毒性。
4． 离子交换法是根据生物碱与酸生成的盐在水中能解离成接受了质子的阳离子，当此水溶液经处理成氢型的阳离子交换树脂时，则发生了交换作用，阳离子化的生物碱被交换吸附在树脂上，从而与非离子化的杂质分离。然获奖树脂碱化，使交换在阳离子交换树脂上的生物碱离子装变成游离生物碱，在用有机溶剂洗脱时，此游离生物碱则转溶于其中而被洗下，回收溶剂后即得到生物碱。
自中草药中提取脂溶性生物碱常用的方法是上述的溶剂法，此外，实验室中偶尔也有应用蒸馏法、水蒸气蒸馏法、升华法等，但这些方法提取量小，一般很少采用。
水溶性生物碱是指指一类在水中溶解度大的伯、仲、叔胺型生物碱，和季铵型生物碱两类。它们的提取用亲属的脂溶性生物碱提取法是不行的。而应采用下列方法。
1．溶剂提取法：水溶性生物碱溶于水，即行大，要将其从水中提取出来就要采用于水不能混溶的亲水性有机溶剂，如正丁醇、戊醇、含10%甲醇或乙醇的氯仿等，自中草药的水提取液中多次萃取，回收有机溶剂，得到混合的水溶性总碱。
2．沉淀法：此法是利用水溶性生物碱遇生物碱沉淀试剂可以从中草药的酸水提取液中沉淀析出，滤出沉淀，再用适当的时机进行分解，最后分出生物碱。
最常采用的是雷氏铵盐（硫氰化铬银）沉淀法。具体操作时将烟酸水提取液滴加饱和的雷氏铵盐水溶液，使生物碱沉淀完全。过滤后将沉淀溶于丙酮，再在此溶液中加入饱和的硫酸银水溶液，使生物碱雷氏铵盐沉淀转变为溶于水的硫酸生物碱盐，而雷氏盐转变为银盐（硫氰化铬银）沉淀，过滤后除去。在滤液中加入计算两的氯化钡溶液，使过量的硫酸银转变成硫酸钡及氯化银沉淀，同时生物碱的硫酸盐也转变成盐酸盐，过滤去除沉淀，滤液中含有生物碱的盐酸盐，蒸干即可得到。
3. 盐析法：水溶性生物碱的水提取液在用溶剂提取时也可配合盐析法提高提取效率，即在水提取液中加入无机盐，如氯化钠、硫酸铵等，一般盐的浓度在百分之七以上直至饱和。无机盐的加入可使生物碱在水中的溶解度降低，从而易于被有机溶剂提出，一次可以减少有机溶剂的萃取次数。
有些季铵型生物碱的碱水溶液在加入无机盐后，可降低其在水中的溶解度而析出。
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